Program MerkurIS pracuje s Agendami. Agenda je počítačová databáza, ktorá obsahuje všetky vytvorené doklady, číselníky, identifikáciu, nastavenie, atď. Každá fyzická alebo právnická osoba, ktorá vo vlastnom mene elektronicky komunikuje s FS SR na základe povolenia pre elektronickú komunikáciu (má vlastný Identifikátor EKR), musí mať minimálne jednu Agendu. V závislosti od licencie programu, jedna Agenda môže byť súčasne používaná viacerými klientami v rámci počítačovej siete (používatelia)
Aj keď vo veľkej väčšine prípadov každý používateľ programu pracuje iba s jednou Agendou, program MerkurIS dokáže pracovať s viacerými Agendami. V tom prípade si používateľ pri každom spustení programu môže vybrať, s ktorou Agendou bude pracovať. Dobrým príkladom môže byť colný deklarant, ktorý poskytuje služby viacerým partnerm. Aj toto je síce možné riešiť, a často sa aj rieši, jednou agendou, ak ale požaduje, aby všetky vytvorené doklady a číselníky boli pre jednotlivých partnerov oddelené, použije pre každého partnera samostatnú agendu. Každá Agenda je identifikovaná vlastným číslom Agendy (ID) a použitie každej Agendy vyžaduje vlastnú registráciu.
ID Agendy nájdete v záhlaví programu vľavo hore
Každá Agenda pozostáva z jedného databázového súboru pre FirebirdSQL, ktorý má príponu FDB.