Výpočet colných platieb je komplikovaná procedúra, výsledok ktorej závisí nie len od údajov zadaných v doklade, ale aj od dynamicky sa meniacich dát v databázach národných colných systémov. Tieto údaje ktoré majú na výpočet vplyv sa menia často niekedy aj v priebehu dňa. Z uvedených dôvodov je výpočet colných platieb riešený komplexným systémom na strane finančnej správy, ktorý sa volá "Kalkulačný modul". Bohužiaľ, na rozdiel od iných krajín, na Slovensku nie je kalkulačný modul FS SR prístupný pre externé systémy, takže ani program MerkurIS nemôže požiadať kalkulačný systém o vrátenie presných výpočtov.
Keďže program MerkurIS nemá online prístup ku všetkým relevantným dátam, snaží sa vypočítať štatistickú hodnotu zo zadaných údajov v doklade. Kedže presnosť tohoto výpočtu nie je možné overiť, táto hodnota sa v doklade zobrazí ako "Štat. hodn. -predbežná". Slovíčko predbežná znamená, že tento údaj sa môže líšiť od štatistickej hodnoty, ktorú vypočíta systém na strane FS SR.
Po odoslaní dokladu do colného systému FS SR si tento systém štatistickú hodnotu vypočíta sám za pomoci kalkulačného modulu a vypočítané hodnoty sa vrátia v správe SK429. Tieto údaje si MerkurIS načíta a pri otvorení dokladu sa v doklade objaví nový panel kde sú tieto údaje zobrazené ako údaje "stanovené colným systémom". Toto sú údaje, ktoré sa v danom okamihu nachádzajú v colnom systéme.
Z uvedeného popisu vyplýva dôležitý fakt, že ak v programe MerkurIS je potrebné po odoslaní zmeníť v doklade Hodnotu tovaru, v tomto okamihu sa zmení iba "Štat. hodn. -predbežná". "Hodnoty stanovené colným systémom" sa ešte nezmenia, pretože ešte neboli zmené v colnom systéme. Až po odoslaní žiadosti o opravu (SK413) a jej následnom prijatí (SK404A) nasleduje prijatie ďalšej správy SK429A ktorá do dokladu zapíše nové údaje "stanovené colným systémom".