MerkurIS umožňuje importovať doklady vytvorené v inom systéme. Platia nasledovné pravidlá:
V prvom kroku sa voľbou "Pridať- Import z XML súboru" otvorí okno pre výber súboru pre import.
Po potvrdení súboru sa doklad naimportuje ako nový doklad.
Povinnosť uvádzania údajov podľa štruktúry a XSD poukazuje na komplexnosť dát pri posielani do CEP. Nevzťahuje na import XML do MerkurIS.